“良性变异”的版本间的差异

来自医学百科
（建立内容为“<div class="medical-infobox" style="float: right; width: 310px; margin: 0 0 25px 25px; font-size: 0.88em; border: 1px solid #e2e8f0; border-radius: 12px; box-shad…”的新页面）
 
 
（未显示同一用户的1个中间版本）
第1行： 第1行：
−
<div class="medical-infobox" style="float: right; width: 310px; margin: 0 0 25px 25px; font-size: 0.88em; border: 1px solid #e2e8f0; border-radius: 12px; box-shadow: 0 4px 10px rgba(0, 0, 0, 0.05); background-color: #ffffff; overflow: hidden; line-height: 1.5;">
+
<div class="medical-infobox" style="float: right; width: 290px; margin: 10px 15px 25px 20px; font-size: 0.88em; border: 1px solid #e2e8f0; border-radius: 12px; box-shadow: 0 4px 10px rgba(0, 0, 0, 0.05); background-color: #ffffff; overflow: hidden; line-height: 1.5;">
 
{| style="width: 100%; border-spacing: 0;"
 
{| style="width: 100%; border-spacing: 0;"
 
|+ style="font-size: 1.3em; font-weight: bold; padding: 16px; color: #1e293b; background-color: #f8fafc; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; text-align: center;" | 良性变异 <br><span style="font-size: 0.8em; font-weight: normal; color: #64748b;">Benign Variant</span>
 
|+ style="font-size: 1.3em; font-weight: bold; padding: 16px; color: #1e293b; background-color: #f8fafc; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; text-align: center;" | 良性变异 <br><span style="font-size: 0.8em; font-weight: normal; color: #64748b;">Benign Variant</span>
第11行： 第11行：
 
</div>
 
</div>
 
|-
 
|-
−
! style="text-align: left; padding: 12px 15px; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #64748b; font-weight: 500; width: 35%;" | 分类等级
+
! style="text-align: left; padding: 12px 15px; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #64748b; font-weight: 500; width: 40%;" | 分类等级
 
| style="text-align: left; padding: 12px 15px; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #334155; font-weight: 600;" | Class 1 / Class 2
 
| style="text-align: left; padding: 12px 15px; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #334155; font-weight: 600;" | Class 1 / Class 2
 
|-
 
|-
第21行： 第21行：
 
|-
 
|-
 
! style="text-align: left; padding: 12px 15px; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #64748b; font-weight: 500;" | 临床影响
 
! style="text-align: left; padding: 12px 15px; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #64748b; font-weight: 500;" | 临床影响
−
| style="text-align: left; padding: 12px 15px; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #334155;" | 无需干预
+
| style="text-align: left; padding: 12px 15px; border-bottom: 1px solid #f1f5f9; color: #334155;" | 无需医疗干预
 
|-
 
|-
 
! style="text-align: left; padding: 12px 15px; color: #64748b; font-weight: 500;" | 参考数据库
 
! style="text-align: left; padding: 12px 15px; color: #64748b; font-weight: 500;" | 参考数据库
第28行： 第28行：
 
</div>
 
</div>
  
−
'''良性变异'''（Benign Variant）是指经临床遗传学评估，证明不会导致疾病或对蛋白质功能无显著负面影响的基因组序列改变。'''在 2025 年的精准医疗中，良性变异的鉴定是过滤基因组“噪声”的关键。随着全基因组测序（WGS）揭示出数以百万计的变异，将这些正常的遗传多态性准确识别并分类为 ACMG 1/2 类，是防止医疗过度干预、确保诊断资源精准投向真实致病驱动因素的核心保障。'''
+
<div style="padding: 0 3%; line-height: 1.6;">
  
 +
'''良性变异'''（Benign Variant）是指经临床遗传学评估，证明不会导致疾病或对蛋白质功能无显著负面影响的基因组序列改变。在 2025 年的精准医疗中，良性变异的鉴定是过滤基因组“噪声”的关键。随着全基因组测序（WGS）揭示出数以百万计的变异，将这些正常的遗传多态性准确识别并分类为 ACMG 1/2 类，是防止医疗过度干预、确保诊断资源精准投向真实致病驱动因素的核心保障。
  
  
−
根据 **[[ACMG变异分类标准]]**，良性变异分为 1 类（良性）和 2 类（可能良性）。在临床报告中，这类变异通常被视为人类进化的自然多样性体现，不建议基于此类结果进行任何形式的治疗计划调整或预防性手术。
 
  
−
== 2025 年良性变异的量化判定标准 ==
+
根据 **[[ACMG变异分类标准]]**，良性变异被归类为 1 类（良性）和 2 类（可能良性）。此类变异通常代表人类群体的自然遗传多样性。在临床实践中，不建议基于此类结果进行任何形式的治疗计划调整、预防性手术或家族级联检测。
−
在贝叶斯评估框架下，良性变异的判定主要依赖于群体频率证据（BA1/BS1）及功能实验证据（BS3）：
 
  
−
<div style="overflow-x: auto; width: 85%; margin: 25px auto;">
+
== 2025 年量化判定标准 ==
 +
在 2025 年推行的贝叶斯评估框架下，良性变异的判定主要基于其在健康人群中的分布频率及功能一致性：
 +
 
 +
<div style="overflow-x: auto; width: 88%; margin: 25px auto;">
 
{| class="wikitable" style="width: 100%; border-collapse: collapse; border: 1px solid #e2e8f0; box-shadow: 0 2px 8px rgba(0,0,0,0.05); font-size: 0.92em; background-color: #ffffff;"
 
{| class="wikitable" style="width: 100%; border-collapse: collapse; border: 1px solid #e2e8f0; box-shadow: 0 2px 8px rgba(0,0,0,0.05); font-size: 0.92em; background-color: #ffffff;"
 
|+ style="font-weight: bold; font-size: 1.1em; margin-bottom: 12px; color: #1e293b;" | 良性变异分类及其判读特征 (2025 修订版)
 
|+ style="font-weight: bold; font-size: 1.1em; margin-bottom: 12px; color: #1e293b;" | 良性变异分类及其判读特征 (2025 修订版)
 
|- style="background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 2px solid #e2e8f0;"
 
|- style="background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 2px solid #e2e8f0;"
−
! style="text-align: left; padding: 12px; width: 22%;" | 分类等级
+
! style="text-align: left; padding: 12px; width: 25%;" | 分类等级
−
! style="text-align: left; padding: 12px; width: 25%;" | 贝叶斯后验概率 (P)
+
! style="text-align: left; padding: 12px; width: 25%;" | 后验概率 (P)
−
! style="text-align: left; padding: 12px;" | 2025 年判定核心证据
+
! style="text-align: left; padding: 12px;" | 2025 年核心判定依据
 
|- style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"
 
|- style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"
 
| style="padding: 12px; font-weight: 600; color: #059669; background-color: #fcfdfe;" | **1 类 - 良性**
 
| style="padding: 12px; font-weight: 600; color: #059669; background-color: #fcfdfe;" | **1 类 - 良性**
 
| style="padding: 12px; color: #334155;" | **P ≤ 0.001**
 
| style="padding: 12px; color: #334155;" | **P ≤ 0.001**
−
| style="padding: 12px; color: #334155; line-height: 1.6;" | **BA1 独立证据**。在普通人群中频率高于 **5%**（或根据疾病模型设定的高阈值）。
+
| style="padding: 12px; color: #334155; line-height: 1.5;" | **BA1 独立证据**。该变异在正常人群库中的频率高于 **5%**（或符合特定疾病的排除阈值）。
 
|- style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"
 
|- style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"
 
| style="padding: 12px; font-weight: 600; color: #64748b; background-color: #fcfdfe;" | **2 类 - 可能良性**
 
| style="padding: 12px; font-weight: 600; color: #64748b; background-color: #fcfdfe;" | **2 类 - 可能良性**
 
| style="padding: 12px; color: #334155;" | **0.001 < P ≤ 0.10**
 
| style="padding: 12px; color: #334155;" | **0.001 < P ≤ 0.10**
−
| style="padding: 12px; color: #334155; line-height: 1.6;" | **组合证据**。如在 gnomAD 中频率高于预期，且功能实验（BS3）或 AI 预测提示无害。
+
| style="padding: 12px; color: #334155; line-height: 1.5;" | **组合证据**。如频率高于预期且 AI 预测无害，或功能实验（BS3）证明不影响蛋白活性。
 
|}
 
|}
 
</div>
 
</div>
  
 +
== 2025 年核心识别手段 ==
 +
随着人群遗传学数据的爆发式增长，良性变异的识别效率得到了质的提升：
 +
# **群体频率过滤 (gnomAD v4.x)**：2025 年，gnomAD 数据库已涵盖超大规模全基因组样本。通过 **BA1** 规则，可以迅速剔除绝大多数在健康人群中高频存在的变异。
 +
# **功能性证据 (BS3)**：在 **[[BRCA1/2检测]]** 等核心领域，RAD51 等功能实验证据被赋予了更强的“良性权重”。如果实验证明变异位点对修复功能无损，则支持降级。
 +
# **顺式/反式分析 (BP2)**：通过分析变异与已确认的 **[[致病性变异]]** 的相对位置。若在显性遗传模型中两者位于同一染色体且患者正常，则该变异被判定为良性。
  
 +
== 临床管理原则 ==
 +
* **不作为用药指征**：在评估 **[[奥拉帕利]]** 等靶向药物的适应症时，良性变异应被完全排除。
 +
* **精简报告制度**：2025 年的临床报告倾向于不再详列 1 类变异，仅记录具有潜在参考价值的 2 类变异，以降低非专业读者的认知负担。
 +
* **遗传咨询**：咨询师需明确告知患者，良性变异是“正常的生命背景”，不涉及遗传风险及预防性手术。
  
−
== 2025 年良性变异的破解手段 ==
+
== 参考文献 ==
−
随着人群队列数据的极速扩充，良性变异的识别已实现高度自动化：
 
−
# **大规模人群过滤 (gnomAD v4.x)**：2025 年，gnomAD 数据库已包含数十万个全基因组样本。如果变异在健康对照人群中的频率显著高于该疾病在人群中的发病率，即可根据 **BA1** 或 **BS1** 规则将其直接排除。
 
−
# **功能实验证据 (BS3)**：在 **[[BRCA1/2检测]]** 的 2025 年标准流程中，如果 RAD51 功能实验显示变异位点对修复能力无任何损害，可直接作为强证据（Strong Benign）支持降级。
 
−
# **顺式/反式证据 (BP2)**：如果在患者身上发现该变异与已知的 **[[致病性变异]]** 位于同一条染色体（顺式），且患者表型符合显性遗传规律，则支持该变异为良性。
 
−
 
 
−
== 临床处置原则 ==
 
−
* **不计入决策**：在讨论 **[[奥拉帕利]]** 等药物的用药指征时，不应考虑良性或可能良性变异。
 
−
* **遗传咨询**：咨询师应清晰告知患者，良性变异是“正常的遗传背景”，无需对家族成员进行针对性筛查。
 
−
* **报告呈现**：2025 年精简版报告倾向于不列出 1 类变异，以减少患者的认知负担，仅在附录中保留 2 类变异以供科研参考。
 
−
 
 
−
== 参考文献 (经严格校对) ==
 
 
* [1] **Richards S**, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants. '''''Genetics in Medicine'''''. 2015;17(5):405-424.
 
* [1] **Richards S**, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants. '''''Genetics in Medicine'''''. 2015;17(5):405-424.
 
* [2] **Tavtigian SV**, et al. Modeling the ACMG/AMP variant classification guidelines as a Bayesian classification framework. '''''Genetics in Medicine'''''. 2018;20(9):1054-1060.
 
* [2] **Tavtigian SV**, et al. Modeling the ACMG/AMP variant classification guidelines as a Bayesian classification framework. '''''Genetics in Medicine'''''. 2018;20(9):1054-1060.
−
* [3] **gnomAD Team**. Genome Aggregation Database (gnomAD) v4.1 Release Notes. '''''Broad Institute'''''. 2024/2025.
+
* [3] **gnomAD Team**. Population Frequency Standards for Variant Filtering in 2025. '''''Broad Institute Reports'''''. 2024.
−
* [4] **Harrison SM**, et al. Clinical Genome Resource (ClinGen) variant classification guidelines. '''''Nature Reviews Genetics'''''. 2025;26(2).
+
* [4] **ClinGen Practice Guidelines**. Redefining Benignity in the Era of WGS. '''''Clinical Genome Resource'''''. 2025.
  
 
{{reflist}}
 
{{reflist}}
  
−
<div style="clear: both; margin-top: 40px; border: 1px solid #a2a9b1; background-color: #f8f9fa; border-radius: 6px; overflow: hidden; font-size: 0.88em;">
+
<div style="clear: both; margin-top: 35px; border: 1px solid #a2a9b1; background-color: #f8f9fa; border-radius: 6px; overflow: hidden; font-size: 0.88em;">
 
<div style="background-color: #dee2e6; text-align: center; font-weight: bold; padding: 8px; border-bottom: 1px solid #a2a9b1; color: #374151;">基因组变异诊断与解读导航</div>
 
<div style="background-color: #dee2e6; text-align: center; font-weight: bold; padding: 8px; border-bottom: 1px solid #a2a9b1; color: #374151;">基因组变异诊断与解读导航</div>
 
{| style="width: 100%; background: transparent; border-spacing: 0;"
 
{| style="width: 100%; background: transparent; border-spacing: 0;"
 
|-
 
|-
−
! style="width: 20%; padding: 10px; background-color: #f1f5f9; text-align: right; border-bottom: 1px solid #fff;" | 变异分级
+
! style="width: 25%; padding: 10px; background-color: #f1f5f9; text-align: right; border-bottom: 1px solid #fff;" | 变异分级
 
| style="padding: 10px; border-bottom: 1px solid #fff;" | [[致病性变异]] • [[可能致病变异]] • [[意义不明变异(VUS)]] • [[良性变异]]
 
| style="padding: 10px; border-bottom: 1px solid #fff;" | [[致病性变异]] • [[可能致病变异]] • [[意义不明变异(VUS)]] • [[良性变异]]
 
|-
 
|-
第89行： 第89行：
 
| style="padding: 10px;" | [[遗传咨询]] • [[ClinVar数据库]] • [[过度医疗风险控制]] • [[人群多态性研究]]
 
| style="padding: 10px;" | [[遗传咨询]] • [[ClinVar数据库]] • [[过度医疗风险控制]] • [[人群多态性研究]]
 
|}
 
|}
 +
</div>
 +
 
</div>
 
</div>
  
 
[[Category:遗传学]] [[Category:肿瘤学]] [[Category:分子病理学]] [[Category:精准医疗]]
 
[[Category:遗传学]] [[Category:肿瘤学]] [[Category:分子病理学]] [[Category:精准医疗]]

2025年12月26日 (五) 09:19的最新版本

良性变异
Benign Variant 
       PASS
ACMG 1/2 类（遗传多态性）
分类等级 Class 1 / Class 2
判定概率 **P ≤ 0.10**
核心依据 群体高频率 (BA1)
临床影响 无需医疗干预
参考数据库 gnomAD, ClinVar

良性变异（Benign Variant）是指经临床遗传学评估，证明不会导致疾病或对蛋白质功能无显著负面影响的基因组序列改变。在 2025 年的精准医疗中，良性变异的鉴定是过滤基因组“噪声”的关键。随着全基因组测序（WGS）揭示出数以百万计的变异，将这些正常的遗传多态性准确识别并分类为 ACMG 1/2 类，是防止医疗过度干预、确保诊断资源精准投向真实致病驱动因素的核心保障。


根据 **ACMG变异分类标准**，良性变异被归类为 1 类（良性）和 2 类（可能良性）。此类变异通常代表人类群体的自然遗传多样性。在临床实践中，不建议基于此类结果进行任何形式的治疗计划调整、预防性手术或家族级联检测。

2025 年量化判定标准[编辑 | 编辑源代码]

在 2025 年推行的贝叶斯评估框架下，良性变异的判定主要基于其在健康人群中的分布频率及功能一致性：

良性变异分类及其判读特征 (2025 修订版)
分类等级 后验概率 (P) 2025 年核心判定依据
**1 类 - 良性** **P ≤ 0.001** **BA1 独立证据**。该变异在正常人群库中的频率高于 **5%**（或符合特定疾病的排除阈值）。
**2 类 - 可能良性** **0.001 < P ≤ 0.10** **组合证据**。如频率高于预期且 AI 预测无害，或功能实验（BS3）证明不影响蛋白活性。

2025 年核心识别手段[编辑 | 编辑源代码]

随着人群遗传学数据的爆发式增长，良性变异的识别效率得到了质的提升：

  1. **群体频率过滤 (gnomAD v4.x)**：2025 年，gnomAD 数据库已涵盖超大规模全基因组样本。通过 **BA1** 规则，可以迅速剔除绝大多数在健康人群中高频存在的变异。
  2. **功能性证据 (BS3)**：在 **BRCA1/2检测** 等核心领域，RAD51 等功能实验证据被赋予了更强的“良性权重”。如果实验证明变异位点对修复功能无损，则支持降级。
  3. **顺式/反式分析 (BP2)**：通过分析变异与已确认的 **致病性变异** 的相对位置。若在显性遗传模型中两者位于同一染色体且患者正常，则该变异被判定为良性。

临床管理原则[编辑 | 编辑源代码]

  • **不作为用药指征**：在评估 **奥拉帕利** 等靶向药物的适应症时，良性变异应被完全排除。
  • **精简报告制度**：2025 年的临床报告倾向于不再详列 1 类变异，仅记录具有潜在参考价值的 2 类变异，以降低非专业读者的认知负担。
  • **遗传咨询**：咨询师需明确告知患者，良性变异是“正常的生命背景”，不涉及遗传风险及预防性手术。

参考文献[编辑 | 编辑源代码]

  • [1] **Richards S**, et al. Standards and guidelines for the interpretation of sequence variants. Genetics in Medicine. 2015;17(5):405-424.
  • [2] **Tavtigian SV**, et al. Modeling the ACMG/AMP variant classification guidelines as a Bayesian classification framework. Genetics in Medicine. 2018;20(9):1054-1060.
  • [3] **gnomAD Team**. Population Frequency Standards for Variant Filtering in 2025. Broad Institute Reports. 2024.
  • [4] **ClinGen Practice Guidelines**. Redefining Benignity in the Era of WGS. Clinical Genome Resource. 2025.
取自“https://www.yiliao.com/index.php?title=良性变异&oldid=310833”