ClinVar
来自医学百科
| 网站资料 | |
|---|---|
| 网址 | www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar |
| 网站类型 | 基因变异临床意义数据库 |
| 注册 | 可选 |
| 运营信息 | |
| 持有者 | 美国国家生物技术信息中心 (NCBI) |
| 上线日期 | 2013年 |
ClinVar 是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的一个公开、免费的生物信息学数据库。其核心目的是收集并整合全球范围内关于**人类基因变异**与其**临床表现（疾病）**之间关系的证据。
在精准医疗和基因检测领域，ClinVar 被视为判断变异点位是否具有“致病性”的核心参考标准。医生和生物信息学家利用该数据库来解读 NGS 检测发现的突变（如您在报告中看到的 MET 或 TP53 突变）是否具有临床指导意义。
核心功能与机制[编辑 | 编辑源代码]
ClinVar 采用“众包”模式，接收来自全球各地的临床实验室、科研机构和专家小组提交的数据。
- 变异解释提交：实验室提交特定变异（Variant）与特定表型（Phenotype）的关系，并附带证据等级。
- 整合与对齐：ClinVar 将不同机构对同一变异的解释进行汇总，方便用户对比。
- 共识达成：当多个权威机构对某一变异达成一致意见时，该变异的解释置信度会提高。
临床意义分级 (Clinical Significance)[编辑 | 编辑源代码]
ClinVar 对变异的致病性通常分为以下五类（基于 ACMG 指南）：
- 致病 (Pathogenic)：已有确凿证据表明该变异会导致疾病。
- 可能致病 (Likely Pathogenic)：有较强证据（约 90% 概率）表明致病。
- 临床意义不明 (VUS)：证据不足或相互矛盾，无法确定其临床后果。
- 可能良性 (Likely Benign)。
- 良性 (Benign)：已确认不会导致该疾病。
置信度分级（星级系统）[编辑 | 编辑源代码]
ClinVar 引入了“星级”（Review Status）来量化解释的可靠性：
- 模板:Icon模板:Icon模板:Icon模板:Icon (4星)：由专家小组（Expert Panel）评审通过。
- 模板:Icon模板:Icon模板:Icon (3星)：经过实践指南（Practice Guideline）验证。
- 模板:Icon模板:Icon (2星)：由多个提交机构提供解释且无冲突。
- 模板:Icon (1星)：仅由单个机构提交，或虽有多个机构但解释存在冲突。
在“智慧医生”中的应用[编辑 | 编辑源代码]
在您的 RAG 架构方案中，ClinVar 发挥以下作用：
- 报告解析：当系统识别到 `p.R175H` (TP53) 时，通过 ClinVar 接口可立即获知其为“致病性”突变。
- 动态更新：如果某个原本属于 VUS（意义不明）的变异被 ClinVar 更新为“致病”，系统可以自动给曾经检出该变异的患者推送预警。