RNA-NGS

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RNA-NGS(RNA Next-Generation Sequencing,亦称 RNA-Seq 或转录组测序)是一种利用高通量测序技术对样本中的全转录组或特定 RNA 片段进行定性和定量分析的技术。在精准肿瘤学领域,RNA-NGS 展现出超越 DNA-NGS 的独特优势,能够直接检测 基因融合(如 ALK、NTRK 融合)和 剪接变异(如 METex14 跳跃突变)。由于该技术直接分析成熟的 mRNA,避开了 DNA 水平上复杂且漫长的内含子区域,因此在检测驱动基因重排和异常剪接方面具有极高的灵敏度和特异性,已成为 2026 年临床精准医疗不可或缺的深度检测工具。

RNA-NGS
转录组高通量测序 · 点击展开
核心流程:逆转录与文库构建
分析层面 转录组 (Transcriptome)
核心检测目标 融合、剪接、表达量
关键临床靶点 NTRK, METex14, RET
灵敏度 (融合) 极高 (> 95%)
测序平台 Illumina / Nanopore
推荐用途 DNA-NGS 阴性后的复检

分子机制:转录水平的精准捕获

RNA-NGS 能够捕捉到 DNA 水平难以发现的变异,其生物学逻辑在于直接观测“最终产物”的前身——成熟 mRNA:

  • 内含子跨越:许多基因重排(如 NTRK)发生在极长的 DNA 内含子区域,DNA 探针难以完全覆盖。RNA-NGS 通过检测剪接后的外显子-外显子连接点,直接确认融合转录本的存在。
  • 功能性确认:DNA 水平的融合未必能产生具有生物活性的蛋白,而 RNA 水平的融合转录本表达是驱动因子发挥功能的直接证据。
  • 剪接异构体识别:通过全转录组分析,可以精确识别 MET 第14号外显子跳跃 等异常剪接事件,这些变异在 DNA 水平常因剪接位点复杂而漏检。

临床景观:RNA-NGS 与 DNA-NGS 的互补优势

检测维度 DNA-NGS RNA-NGS
变异类型 SNV, Indel, CNV 效果佳。 基因融合、剪接变异 优势显著。
内含子依赖性 受内含子长度和复杂度限制大。 无内含子干扰,直接检测转录本。
定量分析 主要针对拷贝数扩增。 可分析 差异基因表达 水平。
样本要求 DNA 较稳定,易提取。 RNA 易降解,对样本保存要求高。

应用策略:指导精准用药的“复检利器”

RNA-NGS 在临床决策中的应用已形成以下规范策略:

  • 针对“罕见融合”的深度挖掘:对于全肺癌或泛癌种检测中 DNA-NGS 未发现驱动因子的患者,推荐进行 RNA-NGS 复检,以捕捉漏检的 NTRKROS1 融合,从而获得靶向治疗机会。
  • METex14 的精准确认:当 DNA 水平发现意义不明的剪接区变异(VUS)时,RNA-NGS 可作为验证金标准,确认该突变是否真正导致了 14 号外显子的缺失。
  • 肿瘤微环境评估:通过转录组数据分析免疫相关基因的表达模式,评估肿瘤免疫微环境(TIME),为免疫检查点抑制剂的选择提供参考。

关键相关概念

  • 转录组 (Transcriptome):细胞在特定状态下所能转录出的所有 RNA 的集合。
  • 基因融合 (Gene Fusion):两个独立基因的部分序列连接在一起,形成新的嵌合基因。
  • METex14:MET 基因 14 号外显子跳跃,RNA 水平检测的典型案例。
  • 液体活检 RNA:利用循环肿瘤 RNA (ctRNA) 进行无创检测的新趋势。
  • cDNA 文库:RNA-NGS 过程中必经的、由 RNA 逆转录而成的 DNA 库。
  • 可变剪接 (Alternative Splicing):同一基因产生不同 mRNA 转录本的生物学过程。
       学术参考文献与权威点评
       

[1] Byron SA, et al. (2016). The clinical application of RNA sequencing in cancer. Nature Reviews Genetics. 17(6):328-342. [Academic Review]
[权威点评]:该综述系统阐述了 RNA 测序在识别驱动性融合及指导癌症个体化治疗中的核心价值。

[2] Wang Z, et al. (2009). RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics. Nature Reviews Genetics. 10(1):57-63.
[核心价值]:转录组测序技术的奠基性论文,详细解释了高通量 RNA 分析的技术原理。

[3] NCCN Guidelines. (2026). Non-Small Cell Lung Cancer, Version 1.2026.
[临床关联]:最新指南明确推荐对驱动基因阴性肺癌进行基于 RNA 的融合检测,以减少漏检率。

           转录组学与精准检测技术 · 知识图谱
技术组分 Reverse TranscriptionLibrary PrepPoly-A SelectionrRNA Depletion
关键靶标 NTRK FusionsMET SkippingALK RealignmentsRET Fusions
生物信息学 Fusion AlignmentTPM NormalizationSplicing Analysis
应用前沿 单细胞 RNA-Seq空间转录组学三代长读长测序