质谱免疫组学

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质谱免疫组学

Immunopeptidomics

核心技术LC-MS/MS

主要靶点HLA 结合肽

常用平台Orbitrap / timsTOF

样本起始$10^{7}-10^{9}$ 细胞

所属学科免疫蛋白组学

质谱免疫组学（Immunopeptidomics）是一门利用高灵敏度液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）技术，直接鉴定并定量由主要组织相容性复合体（MHC，在人类中称为 HLA）分子呈递在细胞表面的全部内源性肽段（免疫肽组）的学科。它是肿瘤新抗原发现、疫苗设计及 TCR-T 细胞疗法开发中不可逾越的“真实性验证”环节。

学术立场：实话实说

核心局限性评估：

• 物理检测不代表功能激活：质谱鉴定出的肽段仅证明其被“呈递”，能否激活 T 细胞仍需依赖 ELISpot 等功能实验。
• 动态范围挑战：高丰度管家蛋白肽常掩盖极低丰度的肿瘤特异性突变肽，导致漏检率。
• 样本依赖性：目前该技术对小尺寸活检样本（如微型穿刺）的支持度有限，难以实现常规临床化。

技术流程与关键指标

质谱免疫组化的标准化流程涉及样本采集、HLA 免疫沉淀、肽段洗脱及质谱采集。以下为临床转化层面的核心参数分析：

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技术环节	操作规范 (NRDD 准则)	技术风险点
样本富集	基于 W6/32 等单抗的 HLA 复合物亲和纯化。	非特异性结合产生的干扰噪声。
质谱采集	DDA (数据依赖型) 或 DIA (数据无关型) 扫描。	低丰度肽段的质子化信号微弱。
序列解析	De novo 测序配合自定义突变蛋白库搜库。	非经典翻译来源（内含子）解析极难。

临床关联与应用

• 癌症个性化疫苗：通过质谱筛选真实提呈的突变位点，避免资源浪费在无效肽段上。
• TCR 靶点筛选：针对 KRAS G12D 等驱动突变，确认其在不同 HLA 亚型中的提呈图谱。
• 药效评价：监测免疫检查点抑制剂（ICI）或化疗前后，肿瘤表面肽组的动态漂移。

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