高通量测序仪
高通量测序仪(High-Throughput Sequencer),又称下一代测序仪 (NGS Sequencer),是现代生命科学研究的“显微镜”和“望远镜”。它通过大规模并行测序(Massively Parallel Sequencing)技术,能够在短时间内(几小时至几天)对数亿甚至数十亿条 DNA 分子进行同步测序。
与第一代 Sanger测序 相比,高通量测序仪将基因组测序的成本降低了超过 100 万倍(超越了 摩尔定律),使得“千元基因组”成为现实。目前市场主流设备分为以 Illumina 和 华大智造 (MGI) 为代表的二代测序(短读长、高通量、高精度),以及以 PacBio 和 Oxford Nanopore 为代表的三代测序(长读长、单分子、实时)。
技术流派:光与电的竞争
虽然市面上有多种测序仪,但其核心逻辑都是捕捉核苷酸聚合过程中的信号。目前主导市场的两大技术流派如下:
| 厂商 | 核心原理 | 技术特点 |
|---|---|---|
| Illumina | 桥式PCR + SBS (边合成边测序) | 利用可逆终止子。读长通常为 PE150。市场占有率最高,生态系统最完善。 |
| 华大智造 (MGI) | DNBSEQ (DNA纳米球) + cPAS | 利用滚环复制 (RCA) 线性扩增,无 PCR 错误累积。结合规则阵列芯片,通量极高(如 T7),成本极低。 |
| PacBio | SMRT (单分子实时测序) | HiFi Reads。读长可达 10-20kb,且准确率极高 (>99.9%)。适合基因组组装和变异检测。 |
| Oxford Nanopore | 纳米孔测序 | DNA 穿过蛋白孔引起的电流变化。超长读长 (>100kb),便携(U盘大小),可直接测序 RNA。 |
核心组件:流动槽 (Flow Cell)
测序仪的“心脏”是流动槽 (Flow Cell),这是一个刻有微流控通道的玻璃芯片。
- 功能: 它是 DNA 文库片段附着、扩增(成簇)和发生生化反应的场所。
- 演进: 从早期的随机分布(Random),发展到现在的规则阵列 (Patterned)。
Illumina: 在纳米孔中预埋引物,实现 ExAmp。
MGI: 利用光刻技术制造活性位点,带负电的 DNB 自动落入带正电的位点,实现超高密度加载。 - 意义: 规则阵列消除了簇重叠(Overlapping)问题,大幅提升了数据产出和图像处理速度。
战略影响:组学基建
高通量测序仪已成为类似于电子显微镜的基础科研设施,但其意义远超科研工具:
● 临床诊断: 支撑了 NIPT、肿瘤伴随诊断、病原宏基因组检测等千亿级市场。
● 数据主权: 拥有自主可控的测序仪(如华大智造的设备)对于国家生物安全(遗传资源保护)至关重要。
● 多组学融合: 现代测序仪不仅测 DNA,还是 单细胞测序 和 空间转录组(如 Stereo-seq)的信号读取终端。
学术参考文献 [Academic Review]
[1] Bentley DR, et al. (2008). Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry. Nature.
[点评]:Illumina (Solexa) 技术的奠基之作,详细描述了 SBS 测序原理,开启了二代测序的统治时代。
[2] Goodwin S, McPherson JD, McCombie WR. (2016). Coming of age: ten years of next-generation sequencing technologies. Nature Reviews Genetics.
[点评]:全面综述了 NGS 技术的十年发展历程,对比了 Illumina、PacBio 和 Nanopore 的优劣。
[3] Drmanac R, et al. (2010). Human genome sequencing using unchained base reads on self-assembling DNA nanoarrays. Science.
[点评]:Complete Genomics (华大智造前身) 的核心论文,展示了 DNBSEQ 技术的高准确性和低成本潜力。