SIB
SIB（Swiss Institute of Bioinformatics，瑞士生物信息学研究所）是全球顶尖的生物信息学研究与基础设施中心之一。
与集中式的 NCBI（美国）或 EBI（欧洲）不同，SIB 采用独特的“联邦制”模式：它是一个汇集了瑞士各大名校（如 ETH Zurich、EPFL、日内瓦大学等）约 80 个顶尖生物信息学研究组的非营利性基金会。SIB 最引以为傲的贡献是创立并维护了 Swiss-Prot（高质量蛋白质序列数据库），这是 UniProt 联盟的核心基石。此外，它还通过 ExPASy 服务器向全球提供包括 SWISS-MODEL、STRING 和 Rhea 在内的数百种生物信息学工具。
ExPASy：生物信息学的“瑞士军刀”
SIB 于 1993 年推出了世界上第一个致力于蛋白质分析的万维网服务器——ExPASy (Expert Protein Analysis System)。它是 SIB 各类工具的统一门户。
| 工具/数据库 | 功能描述 | 地位 |
|---|---|---|
| SWISS-MODEL | 基于同源建模（Homology Modelling）的蛋白质 3D 结构预测服务器。 | 结构生物学领域的自动化先驱。 |
| STRING | 预测蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。 | 绘制基因网络图的首选工具。 |
| PROSITE | 蛋白质结构域、家族和功能位点的数据库。 | 鉴定蛋白质功能域的标准。 |
| ViralZone | 连接病毒基因组序列与生物学特性的知识库。 | 病毒学研究的百科全书。 |
Biocuration：人工审编的艺术
SIB 最核心的理念是“质量优于数量”。在数据爆炸的时代，SIB 坚持雇佣受过博士级训练的生物学家（Biocurators），人工阅读文献，手动注释蛋白质数据。
- Swiss-Prot 的传奇： 1986 年由 Amos Bairoch 在日内瓦大学创立。与 GenBank 这种“只要提交就收录”的仓库不同，Swiss-Prot 是经过“编辑部”审核的。这使得 Swiss-Prot 成为了训练 AI（如 AlphaFold）的金标准数据集。
- UniProt 联盟： 2002 年，SIB 与 EBI（欧洲生物信息研究所）和 PIR（美国蛋白质信息资源）联手，共同组建了 UniProt 联盟，确立了全球蛋白质数据管理的统一标准。
- ELIXIR 节点： SIB 代表瑞士作为 ELIXIR（欧洲生命科学数据基础设施）的节点，负责协调整个欧洲在蛋白质组学和转化医学方面的数据标准。
关键相关概念 [Key Concepts]
1. Federated Model (联邦模式)： SIB 不是一个单一的实体建筑，而是一个网络。它的研究小组分布在巴塞尔、伯尔尼、弗里堡、日内瓦、洛桑、卢加诺和苏黎世的大学及联邦理工学院中。
2. Biocuration (生物审编)： 一门整理、注释、标准化和验证生物学数据的学科。SIB 是全球生物审编领域的领导者，强调人类专家的知识在数据处理中的不可替代性。
3. SIB Resources： SIB 官方认定的核心资源集合。为了保证质量，只有长期维护、具有全球影响力的工具才能被标记为 "SIB Resource"，这代表了极高的可靠性。
学术参考文献 [Academic Review]
[1] Bairoch A. (2000). The SWISS-PROT protein sequence database and its supplement TrEMBL in 2000. Nucleic Acids Res.
[点评]：历史性文献。由 Swiss-Prot 创始人撰写，详细阐述了高质量人工注释数据库的构建原则。
[2] Waterhouse A, et al. (2018). SWISS-MODEL: homology modelling of protein structures and complexes. Nucleic Acids Res.
[点评]：介绍了 SWISS-MODEL 服务器的最新进展，确立了其在自动化蛋白质结构建模领域的领导地位。
[3] The UniProt Consortium. (2021). UniProt: the universal protein knowledgebase in 2021. Nucleic Acids Res.
[点评]：UniProt 联盟的年度报告，展示了 SIB 与 EBI、PIR 合作维护全球最大蛋白质数据库的最新成果。