Protocols.io
Protocols.io 是一个致力于科学实验方法（Protocols）创建、共享、协作与发布的开放获取平台。
它被广泛誉为“科学界的 GitHub”。与传统的静态 PDF 文档不同，Protocols.io 提供交互式的、动态的实验步骤。它允许科研人员在网页或移动端上“运行”实验流程（类似烹饪APP），并在具体步骤上进行讨论、纠错或优化。该平台最核心的创新在于引入了版本控制（Versioning）和分支（Forking）机制，使得实验方法的演变过程清晰可追溯，极大地提高了科学研究的可重复性。2023 年，该平台被 Springer Nature 集团收购。
从“静态死板”到“动态生长”
Protocols.io 最大的贡献在于它改变了实验方法学的呈现方式。它不再是论文末尾那段模糊的“Material and Methods”，而是一个活的（Living）文档。
| 特性 | 传统方法部分 (PDF/Supp) | Protocols.io |
|---|---|---|
| 详细程度 | 简略。常写“如前所述”，甚至缺少关键参数。 | 详尽。包含精确的试剂货号、配方计算器、操作视频。 |
| 更新能力 | 静态。一旦发表，除勘误外无法修改。 | 版本化 (Versioned)。作者可随时发布 v2, v3 修正错误或优化，旧版本永久保留。 |
| 交互性 | 无。只能阅读。 | 可执行 (Run Mode)。支持 iPad/手机端逐个勾选步骤，内置计时器。 |
| 社区互动 | 困难。需给作者发邮件，回复率低。 | 步骤级评论。用户可在具体某一步骤下提问，作者公开回答。 |
核心机制：Forking（分支）
受到软件开发中 GitHub 的启发，Protocols.io 引入了“Fork”概念，这是解决科研方法“微调”难题的神器。
- 场景： 实验室 A 发布了一个提取小鼠肝脏 DNA 的协议。实验室 B 想用同样的方法提取大鼠肝脏 DNA，但需要调整缓冲液浓度。
- 传统做法： 实验室 B 在论文中写“方法同实验室 A，稍作修改”，具体改了什么往往语焉不详。
- Protocols.io 做法： 实验室 B 点击“Fork”，将 A 的协议复制一份，修改其中的缓冲液步骤，保存为新协议。系统会自动链接两者，显示“Derived from...”。这样既尊重了原作，又清晰记录了改良过程。
关键相关概念 [Key Concepts]
1. Reproducibility Crisis (可重复性危机)： Protocols.io 成立的初衷。据统计，超过 50% 的已发表生物医学实验无法被重复，其中“方法描述不清”是首要原因。
2. Private vs. Public： Protocols.io 采用“免费增值”模式。公开发布协议（Open Access）是完全免费的；但如果是制药公司或实验室希望在内部私密管理、协作协议而不公开，则需要付费订阅。
3. DOI (数字对象唯一标识符)： 在 Protocols.io 上发布的协议会获得一个永久的 DOI。这意味着实验方法本身成为了一种可引用（Citable）的学术产出，而不仅仅是论文的附属品。
学术参考文献 [Academic Review]
[1] Teytelman L, et al. (2016). Protocols.io: Virtual Communities for Protocol Development and Discussion. PLOS Biol.
[点评]：创始人撰写的愿景文章。详细阐述了建立“活的”协议库对于纠正科学文献中方法学错误的必要性。
[2] Nature Methods. (2023). Springer Nature acquires Protocols.io. Nature.
[点评]：行业新闻。标志着 Protocols.io 正式被学术出版巨头接纳，与 Springer Nature 旗下的 Protocol Exchange 形成互补。
[3] Koroshetz WJ, et al. (2020). Framework for advancing rigorous research. Cell.
[点评]：NIH 专家组文章，推荐将详细的实验步骤存放于 Protocols.io 等专门的存储库中，以提高研究的透明度和严谨性。