Nature Protocols
Nature Protocols 是由 Nature Portfolio（自然出版集团）于 2006 年创办的在线期刊，专注于发表高质量、经过同行评审的生物医学及化学实验方案（Protocols）。
与侧重于“新发现”的传统期刊不同，Nature Protocols 旨在解决科学界的可重复性危机（Reproducibility Crisis）。它发表的文章通常是对已在顶级期刊（如 Nature, Science, Cell）上发表过的新技术的详细操作指南。
其文章以“食谱式”（Recipe-style）的风格著称，包含精确的步骤、试剂配方、耗时估算以及“故障排除”（Troubleshooting）指南，是全球实验室博士生和博士后最信赖的“实验说明书”之一。
把论文变成“烹饪指南”
Nature Protocols 的文章结构经过精心设计，旨在让第三方实验室能够“零基础”复现实验结果。
| 板块 (Section) | 内容特征 | 重要性 |
|---|---|---|
| Materials (试剂与设备) |
列出所有试剂的供应商和货号。甚至会注明“一定要用 A 公司的酶，B 公司的效果不好”。 | 排除试剂差异导致的失败。 |
| Procedure (操作步骤) |
按数字编号（Step 1, Step 2...）。包含关键的暂停点（Pause point），告知何时可以将样品冻存过夜。 | 提供实验节奏的时间管理。 |
| Troubleshooting (故障排除) |
列出常见问题（如“条带模糊”、“细胞死亡率高”）及其具体解决方案。 | 该期刊最有价值的部分，凝聚了作者数年的试错经验。 |
| Anticipated Results (预期结果) |
展示成功的实验数据图（如电泳图、测序质控图），作为“标准答案”供对照。 | 让读者判断自己的实验是否成功。 |
Protocol Exchange：开放的姊妹库
除了正式发表的 Nature Protocols，Nature 集团还维护一个名为 Protocol Exchange 的开放存取库。
- 非同行评审： Protocol Exchange 允许科研人员直接上传他们的实验步骤，无需漫长的审稿过程，类似预印本（Preprint）。
- 关联发表： 许多在 Nature 或 Nature Neuroscience 上发表的研究论文，会将其详细的方法部分上传至 Protocol Exchange，并在正文中引用，以精简正文篇幅。
- 社区驱动： 它是科学家之间快速分享小技巧（Tips & Tricks）的平台，补充了正式期刊的滞后性。
关键相关概念 [Key Concepts]
1. Reproducibility (可重复性)： Nature Protocols 存在的根本意义。它是科学界对抗“不可重复性”危机的重要武器，通过标准化的描述减少实验室间的技术偏差。
2. Timing (耗时)： 该期刊的一大特色。每个步骤都会标注预估时间（如“3小时”或“过夜”），帮助研究人员规划实验日程，避免在关键步骤被迫中断。
3. Critical Steps (关键步骤)： 文中会用特殊标记指出决定实验成败的“生死攸关”的步骤，提醒操作者在此处必须格外小心（如“动作要轻柔，防止剪切DNA”）。
学术参考文献 [Academic Review]
[1] Ran FA, Hsu PD, Wright J, Agarwala V, Scott DA, Zhang F. (2013). Genome engineering using the CRISPR-Cas9 system. Nature Protocols.
[点评]：该期刊历史上引用率最高的论文之一（引用数 > 20,000）。详细手把手教导全球科学家如何设计 sgRNA 并进行 CRISPR 基因编辑，极大地推动了该技术的普及。
[2] Picelli S, et al. (2014). Full-length RNA-seq from single cells using Smart-seq2. Nature Protocols.
[点评]：单细胞测序领域的经典文献。公开了 Smart-seq2 技术的详细建库流程，使其成为全球实验室进行单细胞全长转录组测序的通用标准。