Cas2
Cas2（CRISPR-associated protein 2）是 CRISPR 适应性免疫系统中的关键结构蛋白，与 Cas1 共同构成了 CRISPR 的“记忆获取模块”。尽管从结构分类上 Cas2 属于 VapD 核酸酶家族，但在 CRISPR 系统的间隔序列获取（Spacer Acquisition）过程中，它的主要功能并非切割 DNA，而是充当“分子标尺” (Molecular Ruler) 和结构支架。
Cas2 以同源二聚体的形式存在，位于 Cas1-Cas2 复合物的中心位置，连接并支撑两侧的 Cas1 二聚体。它负责结合并保护外源 DNA 片段（原间隔序列）的中间部分，精确规定了被捕获 DNA 的长度（通常为 ~30-33 bp），从而确保插入到 CRISPR array 中的记忆片段大小均一且正确。
分子机制：沉默的标尺
虽然 Cas1 是负责切割和连接 DNA 的“剪刀”和“胶水”，但 Cas2 才是决定剪切位置的“尺子”。
- 1. 结构支架： 两个 Cas2 单体首先结合形成一个稳定的二聚体。这个二聚体随后像桥梁一样，连接两个 Cas1 二聚体，形成对称的 (Cas1)₄-(Cas2)₂ 异源六聚体复合物。没有 Cas2，Cas1 极易发生聚集沉淀，无法行使功能。
- 2. 长度决定 (Ruler Mechanism)： Cas2 二聚体的表面带有正电荷槽，刚好能容纳双链 DNA。复合物的整体架构决定了中间能容纳的 DNA 长度。只有长度合适（约 30 bp）的 DNA 片段才能两端刚好伸出，接触到两侧 Cas1 的催化活性中心。过短的片段无法被稳定结合，过长的片段会被核酸酶修剪。
- 3. 活性退化： 尽管 Cas2 保留了核酸酶（RNase/DNase）的经典折叠结构，但在大多数 CRISPR 系统（如 I 型、II 型）的 Spacer 获取过程中，其催化残基并不参与反应，处于“催化失活”状态，仅发挥结构功能。
Cas1 与 Cas2：黄金搭档
Cas1 和 Cas2 几乎总是成对出现在 CRISPR 基因座中，它们的分工协作是 CRISPR 免疫系统中最保守的特征。
| 比较维度 | Cas1 | Cas2 |
|---|---|---|
| 功能定位 | 整合酶 (Integrase) | 支架蛋白 (Scaffold) |
| DNA 接触部位 | DNA 片段的末端 (3'端) | DNA 片段的中央 |
| 化学反应 | 转酯反应 (亲核攻击) | 无 (主要物理结合) |
| 突变后果 | 完全丧失 Spacer 插入能力 | 丧失 Spacer 插入能力 (复合物解体) |
学术参考文献 [Academic Review]
[1] Nuñez JK, et al. (2014). Cas1–Cas2 complex formation mediates spacer acquisition during CRISPR–Cas adaptive immunity. Nature Structural & Molecular Biology.
[点评]：首次解析了大肠杆菌 Cas1-Cas2 复合物的晶体结构，直观展示了 Cas2 如何作为中心支架连接两个 Cas1 二聚体，并提出了长度测定机制。
[2] Wang J, et al. (2015). Structural and mechanistic basis of PAM-dependent spacer acquisition in CRISPR-Cas systems. Cell.
[点评]：深入探讨了 Cas1-Cas2 如何协同工作选择正确的 PAM 序列，以及 Cas2 在其中的结构贡献。
[3] Ka, D., et al. (2016). Structural Implications for the Regulation of Cas1–Cas2 Complex Formation and Spacer Acquisition. Structure.
[点评]：研究了不同构象变化对复合物稳定性的影响，进一步确认了 Cas2 作为调节中枢的作用。