Nature Methods
Nature Methods（《自然-方法》）是 Nature Portfolio 旗下的顶级月刊，致力于发表生命科学领域具有突破性的新技术、新方法以及对现有技术的重大改进。与侧重生物学发现的母刊《Nature》不同，该期刊专注于“如何做研究”，涵盖了从高通量测序、单细胞组学、超分辨率显微镜到前沿生物信息学算法的广泛领域。它是全球生命科学技术发展的风向标，其年度特辑“年度方法 (Method of the Year)”往往预示着未来 5-10 年的科研热点。对于研发型科学家而言，它是获取最新实验工具和数据分析策略的首要来源。
定位：科学发现的引擎
如果说《Cell》关注的是生物学机制，《Nature Biotechnology》关注的是转化应用，那么 Nature Methods 则专注于工具本身。它不仅发表湿实验（Wet Lab）的创新，如新的测序文库构建法，也高度重视干实验（Dry Lab），即处理大数据的生物信息学软件和算法。
核心技术：定义现代组学
许多您当前关注的核心技术，其“出生证明”（Original Paper）都签署在 Nature Methods 上：
| 技术领域 | 里程碑论文 | 影响与应用 |
|---|---|---|
| 表观基因组 | ATAC-seq (Buenrostro et al., 2013) |
将染色质开放性检测所需的细胞量从百万级降至几百个，甚至单细胞。成为研究基因调控的标准工具。 |
| 单细胞多组学 | CITE-seq (Stoeckius et al., 2017) |
通过抗体标签实现单细胞转录组与表面蛋白的同时测定，解决了免疫表型分析的痛点。 |
| 生物信息学 | Seurat, STAR, DESeq2 | 定义了单细胞数据分析的标准流程（Satija Lab），以及 RNA-seq 比对和差异表达分析的金标准。 |
| 成像技术 | PALM, STORM | 打破光学衍射极限，实现超分辨率成像，直接观察单分子动态。 |
选稿标准：不止于“新”
要在 Nature Methods 发表文章，仅有创新是不够的，必须满足以下严苛条件：
1. 广泛适用性 (Broad Utility)： 方法不能仅适用于特定模式生物，必须能解决广泛的生物学问题。
2. 性能提升 (Performance)： 必须通过严格的“背对背”比较（Benchmarking），证明其在灵敏度、通量或分辨率上显著优于现有“金标准”。
3. 可重复性 (Reproducibility)： 提供极其详尽的实验步骤（Protocol）和开源代码，确保其他实验室能复现结果。
代表性学术文献 [Academic Review]
[1] Buenrostro JD, et al. (2013). Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin... Nature Methods.
[点评]：ATAC-seq 的原始论文。该技术已成为表观遗传学研究的通用语言。
[2] Stoeckius M, et al. (2017). Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells. Nature Methods.
[点评]：CITE-seq 的原始论文。完美解决了 scRNA-seq 无法检测蛋白的缺陷，是多组学整合的典范。
[3] Trapnell C, et al. (2010). Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts... (Cufflinks). Nature Methods.
[点评]：早期的 RNA-seq 分析工具。证明了该期刊在确立生物信息学标准方面的统治力。