Molecular Systems Biology
Molecular Systems Biology（MSB）是由 EMBO (欧洲分子生物学组织) 拥有并通过 EMBO Press 出版的同行评审科学期刊。作为系统生物学领域的顶级刊物，MSB 致力于发表具有高影响力的研究，重点关注生物系统的动态属性、功能和行为。该期刊是 Systems Biology (系统生物学)、Synthetic Biology (合成生物学) 以及 Quantitative Biology (定量生物学) 领域的旗舰平台。MSB 自 2005 年创刊以来，一直是完全的 Open Access (开放获取) 期刊，并以其首创的“透明评审流程” (Transparent Review Process) 而闻名。
学术定位：整合与定量
MSB 的核心理念是超越还原论（即仅研究单个基因或蛋白质），转向从系统层面理解生物学。
重点收录方向
- Omics 数据整合： 将基因组、转录组、蛋白质组和代谢组数据结合，构建调控网络。
- Synthetic Biology： 设计和构建新的生物部件、设备和系统。
- Quantitative Biology： 利用数学建模和计算模拟来预测生物系统的行为。
- 单细胞系统生物学： 利用 Single-cell Sequencing 解析细胞异质性。
出版模式：透明与开放
作为 EMBO Press 家族的一员，MSB 在科学出版领域开创了多项透明化改革：
| 政策名称 | 具体机制 |
|---|---|
| Transparent Review (透明评审) |
论文发表时，会同时附上匿名审稿人的意见、作者的回复信以及编辑的决策信。这极大地提高了审稿的负责度和透明度。 |
| Scooping Protection (防抢发保护) |
一旦稿件被 MSB 送审，在审稿期间如果其他期刊发表了类似成果，不会影响该稿件在 MSB 的发表资格。 |
| Source Data | 强调数据的可重复性，要求作者上传生成图表的原始数据，并鼓励共享代码和模型。 |
EMBO Press 家族
MSB 是 EMBO Press 四大核心期刊之一。虽然所有 EMBO 期刊都关注分子生物学，但侧重点不同：
- The EMBO Journal： 广泛的分子与细胞生物学，强调机制性洞察。
- Molecular Systems Biology (MSB)： 强调系统属性、定量分析和工程学方法。
- EMBO Reports： 涵盖分子生物学各个方面，同时发表关于科学与社会的评论。
- EMBO Molecular Medicine： 关注临床医学与分子机制的结合。
学术参考文献 [Academic Review]
[1] Aebersold R. (2005). Molecular Systems Biology: a new journal for a new biology. Molecular Systems Biology.
[点评]：创刊社论，由知名蛋白质组学家 Ruedi Aebersold 撰写，阐述了系统生物学作为一门独立学科的崛起及创办该刊的必要性。
[2] Pulverer B. (2010). Transparency, open access and the ongoing evolution of scientific publishing. Nature Materials.
[点评]：EMBO Press 主编撰写的评论，详细介绍了透明评审流程 (Transparent Process) 的设计初衷和实施效果。
[3] Lemberger T. (2015). 10 years of Molecular Systems Biology. Molecular Systems Biology.
[点评]：十周年纪念文章，回顾了过去十年系统生物学从“组学数据收集”向“定量建模与合成”的范式转变。