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UniProt - 版本历史
2026-04-10T02:16:59Z
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2026-02-07T12:28:29Z
<p>建立内容为“<div style="padding: 0 4%; line-height: 1.8; color: #1e293b; font-family: 'Helvetica Neue', Helvetica, 'PingFang SC', Arial, sans-serif; background-color: #ffffff…”的新页面</p>
<p><b>新页面</b></p><div><div style="padding: 0 4%; line-height: 1.8; color: #1e293b; font-family: 'Helvetica Neue', Helvetica, 'PingFang SC', Arial, sans-serif; background-color: #ffffff; max-width: 1200px; margin: auto;"><br />
<br />
<div style="margin-bottom: 30px; border-bottom: 1.2px solid #e2e8f0; padding-bottom: 25px;"><br />
<p style="font-size: 1.1em; margin: 10px 0; color: #334155; text-align: justify;"><br />
<strong>UniProt</strong>（<strong>Uni</strong>versal <strong>Prot</strong>ein Resource，通用蛋白质资源库）是全球最全面、最权威且被广泛引用的蛋白质序列与功能信息中心。<br />
<br>它由欧洲生物信息研究所（<strong>[[EBI]]</strong>）、瑞士生物信息研究所（<strong>[[SIB]]</strong>）和美国蛋白质信息资源（<strong>[[PIR]]</strong>）组成的 <strong>UniProt 联盟</strong>共同维护。UniProt 的核心使命是为科学界提供一个中心化的、高质量的蛋白质“百科全书”。其最著名的子库 <strong>[[Swiss-Prot]]</strong> 以“人工审查、注释详尽、极低冗余”著称，被视为蛋白质数据的<strong>金标准</strong>；而 <strong>TrEMBL</strong> 子库则包含了海量的、由核酸序列自动翻译而来的未审查蛋白质序列。<br />
</p><br />
</div><br />
<br />
<div class="medical-infobox mw-collapsible mw-collapsed" style="width: 100%; max-width: 320px; margin: 0 auto 35px auto; border: 1.2px solid #bae6fd; border-radius: 12px; background-color: #ffffff; box-shadow: 0 8px 20px rgba(0,0,0,0.05); overflow: hidden;"><br />
<br />
<div style="padding: 15px; color: #1e40af; background: linear-gradient(135deg, #e0f2fe 0%, #bae6fd 100%); text-align: center; cursor: pointer;"><br />
<div style="font-size: 1.2em; font-weight: bold; letter-spacing: 1.2px;">UniProt</div><br />
<div style="font-size: 0.7em; opacity: 0.85; margin-top: 4px; white-space: nowrap;">Universal Protein Resource (点击展开)</div><br />
</div><br />
<br />
<div class="mw-collapsible-content"><br />
<div style="padding: 25px; text-align: center; background-color: #f8fafc;"><br />
<br />
<div style="font-size: 0.8em; color: #64748b; margin-top: 12px; font-weight: 600;">蛋白质界的“双轨制”体系</div><br />
</div><br />
<br />
<table style="width: 100%; border-spacing: 0; border-collapse: collapse; font-size: 0.85em;"><br />
<tr><br />
<th colspan="2" style="padding: 8px 12px; background-color: #e0f2fe; color: #1e40af; text-align: left; font-size: 0.9em; border-top: 1px solid #bae6fd;">资源档案</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; width: 40%;">运营方</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">UniProt Consortium (EBI, SIB, PIR)</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">核心子库</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #1e40af;">[[Swiss-Prot]] (精选)<br>TrEMBL (海量)</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">数据量</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">> 2.5 亿条序列</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">更新频率</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #1e40af;">每 8 周</td><br />
</tr><br />
<br />
<tr><br />
<th colspan="2" style="padding: 8px 12px; background-color: #e0f2fe; color: #1e40af; text-align: left; font-size: 0.9em; border-top: 1px solid #bae6fd;">主要功能</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">序列查询</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #16a34a;">FASTA 格式</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">功能注释</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #e11d48;">GO, 亚细胞定位</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">去冗余</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">[[UniRef]]</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569;">标识符</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; color: #1e40af;">Accession (如 P53_HUMAN)</td><br />
</tr><br />
</table><br />
</div><br />
</div><br />
<br />
<h2 style="background: #f1f5f9; color: #0f172a; padding: 10px 18px; border-radius: 0 6px 6px 0; font-size: 1.25em; margin-top: 40px; border-left: 6px solid #0f172a; font-weight: bold;">双轨制：Swiss-Prot 与 TrEMBL</h2><br />
<p style="margin: 15px 0; text-align: justify;"><br />
UniProtKB（UniProt 知识库）由两个截然不同的部分组成，理解它们的区别是使用该数据库的前提。<br />
</p><br />
<div style="overflow-x: auto; margin: 20px auto;"><br />
<table style="width: 100%; border-collapse: collapse; border: 1.2px solid #cbd5e1; font-size: 0.9em; text-align: left;"><br />
<tr style="background-color: #f1f5f9; border-bottom: 2px solid #0f172a;"><br />
<th style="padding: 12px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #0f172a; width: 20%;">子库名称</th><br />
<th style="padding: 12px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #1e40af; width: 40%;">特征描述</th><br />
<th style="padding: 12px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #475569; width: 40%;">数据质量与来源</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">[[Swiss-Prot]]</td><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;"><strong>已审查 (Reviewed)</strong>。<br>像维基百科的“精选条目”。数量少（约 57 万条），增长慢。</td><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;"><strong>人工注释</strong>。由专家阅读文献后手动添加功能、修饰、结构等信息。极高的可靠性。</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600; color: #e11d48;">TrEMBL</td><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;"><strong>未审查 (Unreviewed)</strong>。<br>像海量的“草稿”。数量巨大（> 2.5 亿条），随测序技术飞速增长。</td><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;"><strong>机器自动生成</strong>。将 EMBL/GenBank 中的核酸序列通过计算机程序翻译成蛋白，未经人工核对。</td><br />
</tr><br />
</table><br />
</div><br />
<br />
<p style="margin: 15px 0; text-align: justify; font-size: 0.95em; color: #475569; background-color: #f1f5f9; padding: 10px; border-radius: 4px;"><br />
💡 <strong>专家提示：</strong> 在进行 BLAST 比对或同源搜索时，如果只关心已知功能的蛋白，请勾选 "Swiss-Prot only"；如果想在未开发物种中寻找新基因，则需包含 TrEMBL。<br />
</p><br />
<br />
<h2 style="background: #f1f5f9; color: #0f172a; padding: 10px 18px; border-radius: 0 6px 6px 0; font-size: 1.25em; margin-top: 40px; border-left: 6px solid #0f172a; font-weight: bold;">不仅仅是序列：全方位的蛋白画像</h2><br />
<p style="margin: 15px 0; text-align: justify;"><br />
UniProt 并不只是存储一串氨基酸字母，它致力于描绘蛋白质的“生平”。<br />
</p><br />
<div style="background-color: #f0f9ff; border-left: 5px solid #1e40af; padding: 15px 20px; margin: 20px 0; border-radius: 4px;"><br />
<ul style="margin: 0; padding-left: 20px; color: #334155;"><br />
<li style="margin-bottom: 12px;"><strong>PTM (翻译后修饰)：</strong> 告诉你该蛋白在哪里被磷酸化、糖基化或乙酰化。这对于理解信号转导至关重要。</li><br />
<li style="margin-bottom: 12px;"><strong>Subcellular Location (亚细胞定位)：</strong> 告诉你该蛋白是住在细胞核里、线粒体里，还是被分泌到细胞外。</li><br />
<li style="margin-bottom: 12px;"><strong>Variant (变异)：</strong> 整合了来自 [[ClinVar]] 和 [[gnomAD]] 的信息，标注了哪些氨基酸突变会导致疾病。</li><br />
<li style="margin-bottom: 0;"><strong>AlphaFold 预测：</strong> 近年来，UniProt 已深度整合 [[AlphaFold]] DB，为数以亿计缺乏晶体结构的蛋白提供了高置信度的 3D 结构预测模型。</li><br />
</ul><br />
</div><br />
<br />
<div style="font-size: 0.92em; line-height: 1.6; color: #1e293b; margin-top: 50px; border-top: 2px solid #0f172a; padding: 15px 25px; background-color: #f8fafc; border-radius: 0 0 10px 10px;"><br />
<span style="color: #0f172a; font-weight: bold; font-size: 1.05em; display: inline-block; margin-bottom: 15px;">关键相关概念 [Key Concepts]</span><br />
<br />
<p style="margin: 12px 0; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; padding-bottom: 10px;"><br />
<strong>1. UniRef (Reference Clusters)：</strong> 为了解决数据冗余问题（比如 1000 株大肠杆菌有几乎相同的管家基因），UniProt 将相似序列打包成簇。UniRef100、UniRef90、UniRef50 分别代表序列一致性为 100%、90%、50% 的聚类，大大加快了 BLAST 速度。<br />
</p><br />
<br />
<p style="margin: 12px 0; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; padding-bottom: 10px;"><br />
<strong>2. Accession Number (AC号)：</strong> 蛋白质的“终身身份证”。如 <strong>P53_HUMAN</strong> (Entry Name) 对应的 AC 号是 <strong>P04637</strong>。即使蛋白名字改了，AC 号也永不改变，确保引用的稳定性。<br />
</p><br />
<br />
<p style="margin: 12px 0;"><br />
<strong>3. Proteome (蛋白质组)：</strong> UniProt 为特定物种（如人类、小鼠、拟南芥）提供完整的蛋白质组数据集下载，是质谱分析（Mass Spectrometry）进行搜库比对的基础文件。<br />
</p><br />
</div><br />
<br />
<div style="font-size: 0.92em; line-height: 1.6; color: #1e293b; margin-top: 20px; border-top: 2px solid #0f172a; padding: 15px 25px; background-color: #ffffff;"><br />
<span style="color: #0f172a; font-weight: bold; font-size: 1.05em; display: inline-block; margin-bottom: 15px;">学术参考文献 [Academic Review]</span><br />
<br />
<p style="margin: 12px 0; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; padding-bottom: 10px;"><br />
[1] <strong>The UniProt Consortium. (2023).</strong> <em>UniProt: the Universal Protein Knowledgebase in 2023.</em> <strong>[[Nucleic Acids Res]]</strong>. <br><br />
<span style="color: #475569;">[点评]：年度更新报告。详述了 UniProt 最新的数据增长情况、AlphaFold 结构的整合以及对 SARS-CoV-2 蛋白的紧急注释工作。</span><br />
</p><br />
<br />
<p style="margin: 12px 0; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; padding-bottom: 10px;"><br />
[2] <strong>Bairoch A, Apweiler R. (2000).</strong> <em>The SWISS-PROT protein sequence database and its supplement TrEMBL in 2000.</em> <strong>[[Nucleic Acids Res]]</strong>. <br><br />
<span style="color: #475569;">[点评]：历史性文献。由 Swiss-Prot 创始人 Amos Bairoch 撰写，确立了 Swiss-Prot 高质量人工注释的标准。</span><br />
</p><br />
<br />
<p style="margin: 12px 0;"><br />
[3] <strong>Bateman A, et al. (2017).</strong> <em>UniProt: the universal protein knowledgebase.</em> <strong>[[Nucleic Acids Res]]</strong>. <br><br />
<span style="color: #475569;">[点评]：EBI 团队综述。解释了 UniProt 如何从分散的数据库（PIR, Swiss-Prot, TrEMBL）合并为统一的全球资源。</span><br />
</p><br />
</div><br />
<br />
<div style="margin: 40px 0; border: 1px solid #e2e8f0; border-radius: 8px; overflow: hidden; font-family: 'Helvetica Neue', Arial, sans-serif; font-size: 0.9em;"><br />
<div style="background-color: #eff6ff; color: #1e40af; padding: 8px 15px; font-weight: bold; text-align: center; border-bottom: 1px solid #dbeafe;"><br />
生物信息学 · 知识图谱<br />
</div><br />
<table style="width: 100%; border-collapse: collapse; background-color: #ffffff;"><br />
<tr style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"><br />
<td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">上级分类</td><br />
<td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[生物医学数据库]] • 序列数据库</td><br />
</tr><br />
<tr style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"><br />
<td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">核心组件</td><br />
<td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[Swiss-Prot]] (精选) • TrEMBL (自动) • UniRef</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">关联资源</td><br />
<td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[GenBank]] (核酸) • [[PDB]] (结构) • [[AlphaFold]]</td><br />
</tr><br />
</table><br />
</div><br />
<br />
</div></div>
120.244.141.225