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PacBio - 版本历史
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<p><b>新页面</b></p><div><div style="padding: 0 4%; line-height: 1.8; color: #1e293b; font-family: 'Helvetica Neue', Helvetica, 'PingFang SC', Arial, sans-serif; background-color: #ffffff; max-width: 1200px; margin: auto;"><br />
<br />
<div style="margin-bottom: 30px; border-bottom: 1.2px solid #e2e8f0; padding-bottom: 25px;"><br />
<p style="font-size: 1.1em; margin: 10px 0; color: #334155; text-align: justify;"><br />
<strong>PacBio</strong>（Pacific Biosciences，纳斯达克：PACB）是全球<strong>[[三代测序]] (TGS)</strong> 技术的奠基者和领导者，总部位于美国加州门洛帕克。其核心技术是基于<strong>[[零模波导孔]] (ZMW)</strong> 的<strong>[[SMRT]]</strong>（单分子实时）测序。<br />
<br>早期 PacBio 以读长长但错误率高（~15%）著称，但随着<strong>[[HiFi测序]]</strong>（CCS 模式）的推出，PacBio 成功通过算法校正将单分子测序准确率提升至 <strong>Q30</strong>（>99.9%），兼具了长读长和高准确度。目前，PacBio 凭借旗舰机型 <strong>[[Revio]]</strong> 在全基因组组装、<strong>[[结构变异]] (SV)</strong> 检测及全长转录组（<strong>[[Iso-Seq]]</strong>）领域占据统治地位，并在收购 Omniome 后推出了基于 <strong>[[SBB]]</strong> 技术的短读长测序仪 <strong>Onso</strong>。<br />
</p><br />
</div><br />
<br />
<div class="medical-infobox mw-collapsible mw-collapsed" style="width: 100%; max-width: 320px; margin: 0 auto 35px auto; border: 1.2px solid #bae6fd; border-radius: 12px; background-color: #ffffff; box-shadow: 0 8px 20px rgba(0,0,0,0.05); overflow: hidden;"><br />
<br />
<div style="padding: 15px; color: #1e40af; background: linear-gradient(135deg, #e0f2fe 0%, #bae6fd 100%); text-align: center; cursor: pointer;"><br />
<div style="font-size: 1.2em; font-weight: bold; letter-spacing: 1.2px;">PacBio</div><br />
<div style="font-size: 0.7em; opacity: 0.85; margin-top: 4px; white-space: nowrap;">Pacific Biosciences (点击展开)</div><br />
</div><br />
<br />
<div class="mw-collapsible-content"><br />
<div style="padding: 25px; text-align: center; background-color: #f8fafc;"><br />
<div style="width: 100px; height: 100px; background-color: #e2e8f0; border-radius: 50%; margin: 0 auto; display: flex; align-items: center; justify-content: center; color: #94a3b8; font-size: 0.8em;"><br />
<br />
</div><br />
<div style="font-size: 0.8em; color: #64748b; margin-top: 12px; font-weight: 600;">HiFi 测序的定义者</div><br />
</div><br />
<br />
<table style="width: 100%; border-spacing: 0; border-collapse: collapse; font-size: 0.85em;"><br />
<tr><br />
<th colspan="2" style="padding: 8px 12px; background-color: #e0f2fe; color: #1e40af; text-align: left; font-size: 0.9em; border-top: 1px solid #bae6fd;">企业档案</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; width: 40%;">成立时间</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">2004年</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">总部</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #1e40af;">美国 • Menlo Park</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">核心技术</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #16a34a;">[[SMRT]], [[SBB]]</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">CEO</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">Christian Henry</td><br />
</tr><br />
<br />
<tr><br />
<th colspan="2" style="padding: 8px 12px; background-color: #e0f2fe; color: #1e40af; text-align: left; font-size: 0.9em; border-top: 1px solid #bae6fd;">产品矩阵</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">旗舰长读长</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #1e40af;">[[Revio]]</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">高精短读长</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #1e40af;">[[Onso]] (Q40+)</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">数据类型</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">HiFi Reads (CCS)</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569;">主要对手</th><br />
<td style="padding: 6px 12px; color: #e11d48;">[[Oxford Nanopore]], [[Illumina]]</td><br />
</tr><br />
</table><br />
</div><br />
</div><br />
<br />
<h2 style="background: #f1f5f9; color: #0f172a; padding: 10px 18px; border-radius: 0 6px 6px 0; font-size: 1.25em; margin-top: 40px; border-left: 6px solid #0f172a; font-weight: bold;">技术基石：零模波导与荧光监控</h2><br />
<br />
<p style="margin: 15px 0; text-align: justify;"><br />
SMRT（Single Molecule, Real-Time）测序的核心在于构建一个极其微小的观察窗口，使得光学系统能够实时捕捉单个 DNA 聚合酶的工作状态。<br />
</p><br />
<br />
<br />
<br />
<div style="background-color: #f0f9ff; border-left: 5px solid #1e40af; padding: 15px 20px; margin: 20px 0; border-radius: 4px;"><br />
<ul style="margin: 0; padding-left: 20px; color: #334155;"><br />
<li style="margin-bottom: 8px;"><strong>[[零模波导孔]] (ZMW)：</strong> 这是一个直径仅数十纳米的金属小孔。由于孔径小于激发光的波长，光线无法穿透，只能照亮孔底极小的区域（体积为仄升级，Zeptoliter）。这极大地降低了背景噪音。</li><br />
<li style="margin-bottom: 8px;"><strong>磷酸标记核苷酸：</strong> 与 Illumina 将荧光标记在碱基上不同，PacBio 将荧光标记在核苷酸的<strong>磷酸链</strong>上。当聚合酶将核苷酸掺入 DNA 链时，焦磷酸基团（携带荧光）自然脱落。<br />
<br><em>优势：</em> 合成的 DNA 链完全天然，无化学修饰残留，保证了聚合酶的持续高活性和超长读长。</li><br />
</ul><br />
</div><br />
<br />
<h2 style="background: #f1f5f9; color: #0f172a; padding: 10px 18px; border-radius: 0 6px 6px 0; font-size: 1.25em; margin-top: 40px; border-left: 6px solid #0f172a; font-weight: bold;">HiFi 革命：以循环换精度</h2><br />
<br />
<p style="margin: 15px 0; text-align: justify;"><br />
PacBio 最大的转折点在于推出了 <strong>[[HiFi测序]]</strong>（High Fidelity Reads）。在传统的 CLR（Continuous Long Read）模式下，单次读取的随机错误率高达 10%-15%。HiFi 通过<strong>循环一致性测序 (CCS)</strong> 完美解决了这一问题。<br />
</p><br />
<br />
<br />
<br />
<div style="overflow-x: auto; margin: 20px auto;"><br />
<table style="width: 100%; border-collapse: collapse; border: 1.2px solid #cbd5e1; font-size: 0.9em; text-align: left;"><br />
<tr style="background-color: #f1f5f9; border-bottom: 2px solid #0f172a;"><br />
<th style="padding: 12px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #0f172a; width: 25%;">步骤</th><br />
<th style="padding: 12px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #1e40af; width: 75%;">描述</th><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">哑铃型文库</td><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">在双链 DNA 两端连接发夹接头（Hairpin Adapter），使其变成一个<strong>封闭的圆环</strong>。</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">滚环测序</td><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">聚合酶绕着圆环反复测序，产生包含多个重复序列（Subreads）的超长单链。</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">一致性校正</td><br />
<td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">由于 SMRT 的错误是<strong>随机</strong>的，通过将同一分子的多次 Subreads 进行比对，噪音相互抵消，得到的一致性序列（CCS）准确率可达 <strong>Q30 (99.9%)</strong> 以上。</td><br />
</tr><br />
</table><br />
</div><br />
<br />
<h2 style="background: #f1f5f9; color: #0f172a; padding: 10px 18px; border-radius: 0 6px 6px 0; font-size: 1.25em; margin-top: 40px; border-left: 6px solid #0f172a; font-weight: bold;">双引擎战略：Revio 与 Onso</h2><br />
<br />
<p style="margin: 15px 0; text-align: justify;"><br />
PacBio 目前实行“长短结合”的产品战略：<br />
</p><br />
<ul style="padding-left: 25px; color: #334155; margin-top: 15px;"><br />
<li style="margin-bottom: 12px;"><strong>[[Revio]] (长读长旗舰)：</strong> 2022 年发布。相比前代 Sequel IIe，ZMW 数量增加了 3 倍（2500 万），计算能力大幅提升。每年可测序 1300 个高覆盖度人类基因组，是目前 HiFi 测序的工业级标准。</li><br />
<li style="margin-bottom: 12px;"><strong>[[Onso]] (短读长新秀)：</strong> 基于收购 Omniome 获得的 <strong>[[SBB]] (Sequencing by Binding)</strong> 技术。SBB 不依赖聚合反应，而是通过检测结合动力学来识别碱基，准确率高达 <strong>Q40</strong>（99.99%），旨在挑战 Illumina 在液体活检和罕见突变检测领域的地位。</li><br />
</ul><br />
<br />
<div style="font-size: 0.92em; line-height: 1.6; color: #1e293b; margin-top: 50px; border-top: 2px solid #0f172a; padding: 15px 25px; background-color: #f8fafc; border-radius: 0 0 10px 10px;"><br />
<span style="color: #0f172a; font-weight: bold; font-size: 1.05em; display: inline-block; margin-bottom: 15px;">学术参考文献 [Academic Review]</span><br />
<br />
<p style="margin: 12px 0; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; padding-bottom: 10px;"><br />
[1] <strong>Wenger AM, et al. (2019).</strong> <em>Accurate circular consensus long-read sequencing improves variant detection.</em> <strong>[[Nature Biotechnology]]</strong>. <br><br />
<span style="color: #475569;">[点评]：HiFi 测序的奠基之作。证明了 CCS 模式可以在保持长读长的同时，达到甚至超越 NGS 的准确率。</span><br />
</p><br />
<br />
<p style="margin: 12px 0; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; padding-bottom: 10px;"><br />
[2] <strong>Nurk S, et al. (2022).</strong> <em>The complete sequence of a human genome.</em> <strong>[[Science]]</strong>. <br><br />
<span style="color: #475569;">[点评]：T2T 基因组计划的核心成果。HiFi Reads 提供了高精度的骨架，是解决基因组复杂重复区域的关键。</span><br />
</p><br />
<br />
<p style="margin: 12px 0;"><br />
[3] <strong>Eid J, et al. (2009).</strong> <em>Real-time DNA sequencing from single polymerase molecules.</em> <strong>[[Science]]</strong>. <br><br />
<span style="color: #475569;">[点评]：PacBio 早期的原理性论文，首次展示了 ZMW 和 SMRT 测序的可行性。</span><br />
</p><br />
</div><br />
<br />
<div style="margin: 40px 0; border: 1px solid #e2e8f0; border-radius: 8px; overflow: hidden; font-family: 'Helvetica Neue', Arial, sans-serif; font-size: 0.9em;"><br />
<div style="background-color: #eff6ff; color: #1e40af; padding: 8px 15px; font-weight: bold; text-align: center; border-bottom: 1px solid #dbeafe;"><br />
PacBio 技术生态 · 知识图谱<br />
</div><br />
<table style="width: 100%; border-collapse: collapse; background-color: #ffffff;"><br />
<tr style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"><br />
<td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">上级领域</td><br />
<td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[三代测序]] (TGS) • 单分子测序</td><br />
</tr><br />
<tr style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"><br />
<td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">核心硬件</td><br />
<td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[Revio]] • Sequel IIe • [[Onso]]</td><br />
</tr><br />
<tr><br />
<td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">关键应用</td><br />
<td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[T2T基因组]] • [[结构变异]] (SV) • [[Iso-Seq]]</td><br />
</tr><br />
</table><br />
</div><br />
<br />
</div></div>
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