EBI - 版本历史

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max-width: 320px; margin: 0 auto 35px auto; border: 1.2px solid #bae6fd; border-radius: 12px; background-color: #ffffff; box-shadow: 0 8px 20px rgba(0,0,0,0.05); overflow: hidden;"><br /> <br /> <div style="padding: 15px; color: #1e40af; background: linear-gradient(135deg, #e0f2fe 0%, #bae6fd 100%); text-align: center; cursor: pointer;"><br /> <div style="font-size: 1.2em; font-weight: bold; letter-spacing: 1.2px;">EMBL-EBI</div><br /> <div style="font-size: 0.7em; opacity: 0.85; margin-top: 4px; white-space: nowrap;">European Bioinformatics Institute (点击展开)</div><br /> </div><br /> <br /> <div class="mw-collapsible-content"><br /> <div style="padding: 25px; text-align: center; background-color: #f8fafc;"><br /> <div style="width: 100px; height: 100px; background-color: #e2e8f0; border-radius: 50%; margin: 0 auto; display: flex; align-items: center; justify-content: center; color: #94a3b8; font-size: 0.8em;"><br /> <br /> </div><br /> <div style="font-size: 0.8em; color: #64748b; margin-top: 12px; font-weight: 600;">欧洲生物大数据中心</div><br /> </div><br /> <br /> <table style="width: 100%; border-spacing: 0; border-collapse: collapse; font-size: 0.85em;"><br /> <tr><br /> <th colspan="2" style="padding: 8px 12px; background-color: #e0f2fe; color: #1e40af; text-align: left; font-size: 0.9em; border-top: 1px solid #bae6fd;">机构参数</th><br /> </tr><br /> <tr><br /> <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; width: 40%;">成立年份</th><br /> <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">1994年</td><br /> </tr><br /> <tr><br /> <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">总部地点</th><br /> <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">Hinxton, UK</td><br /> </tr><br /> <tr><br /> <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">上级组织</th><br /> <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">[[EMBL]] (海德堡总部)</td><br /> </tr><br /> <tr><br /> <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">资金来源</th><br /> <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #16a34a;">成员国会费 / 竞争性拨款</td><br /> </tr><br /> <br /> <tr><br /> <th colspan="2" style="padding: 8px 12px; background-color: #e0f2fe; color: #1e40af; text-align: left; font-size: 0.9em; border-top: 1px solid #bae6fd;">核心资源</th><br /> </tr><br /> <tr><br /> <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">基因组库</th><br /> <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #1e40af;">[[Ensembl]] / [[ENA]]</td><br /> </tr><br /> <tr><br /> <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">蛋白质库</th><br /> <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">[[UniProt]] / [[InterPro]]</td><br /> </tr><br /> <tr><br /> <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569; border-bottom: 1px solid #e2e8f0;">结构库</th><br /> <td style="padding: 6px 12px; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; color: #0f172a;">[[PDBe]] / [[AlphaFold]] DB</td><br /> </tr><br /> <tr><br /> <th style="text-align: left; padding: 6px 12px; background-color: #f8fafc; color: #475569;">官方网站</th><br /> <td style="padding: 6px 12px; color: #0f172a;"><a href="https://www.ebi.ac.uk" style="color:#2563eb; text-decoration:none;">ebi.ac.uk</a></td><br /> </tr><br /> </table><br /> </div><br /> </div><br /> <br /> <h2 style="background: #f1f5f9; color: #0f172a; padding: 10px 18px; border-radius: 0 6px 6px 0; font-size: 1.25em; margin-top: 40px; border-left: 6px solid #0f172a; font-weight: bold;">全球数据协作：INSDC</h2><br /> <br /> <p style="margin: 15px 0; text-align: justify;"><br /> 生物信息学领域有一个不成文的规定：数据无国界。EBI 通过 <strong>[[INSDC]] (International Nucleotide Sequence Database Collaboration)</strong> 协议，每天与另外两家机构进行数据同步交换。这意味着你在 EBI 提交的数据，第二天就会出现在 NCBI。<br /> </p><br /> <br /> <br /> <br /> <div style="background-color: #f0f9ff; border-left: 5px solid #1e40af; padding: 15px 20px; margin: 20px 0; border-radius: 4px;"><br /> <ul style="margin: 0; padding-left: 20px; color: #334155;"><br /> <li style="margin-bottom: 8px;"><strong>美国：</strong> [[NCBI]] (维护 GenBank)</li><br /> <li style="margin-bottom: 8px;"><strong>欧洲：</strong> [[EMBL-EBI]] (维护 <strong>[[ENA]]</strong> - European Nucleotide Archive)</li><br /> <li style="margin-bottom: 0;"><strong>日本：</strong> [[DDBJ]] (DNA Data Bank of Japan)</li><br /> </ul><br /> </div><br /> <br /> <h2 style="background: #f1f5f9; color: #0f172a; padding: 10px 18px; border-radius: 0 6px 6px 0; font-size: 1.25em; margin-top: 40px; border-left: 6px solid #0f172a; font-weight: bold;">EBI 核心资源矩阵</h2><br /> <br /> <p style="margin: 15px 0; text-align: justify;"><br /> EBI 维护着数百个数据库，涵盖了从 DNA 到蛋白质、从小分子药物到系统生物学的全谱系：<br /> </p><br /> <br /> <div style="overflow-x: auto; margin: 20px auto;"><br /> <table style="width: 100%; border-collapse: collapse; border: 1.2px solid #cbd5e1; font-size: 0.9em; text-align: left;"><br /> <tr style="background-color: #f1f5f9; border-bottom: 2px solid #0f172a;"><br /> <th style="padding: 12px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #0f172a; width: 20%;">领域</th><br /> <th style="padding: 12px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #1e40af; width: 25%;">数据库名称</th><br /> <th style="padding: 12px; border: 1px solid #cbd5e1; color: #475569;">功能描述</th><br /> </tr><br /> <tr><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">基因组</td><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;"><strong>[[Ensembl]]</strong></td><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">提供高质量的脊椎动物基因组注释和浏览器。</td><br /> </tr><br /> <tr><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">蛋白质</td><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;"><strong>[[UniProt]]</strong></td><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">全球最权威的蛋白质序列和功能信息资源（与 SIB, PIR 合办）。</td><br /> </tr><br /> <tr><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">结构</td><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;"><strong>[[PDBe]]</strong></td><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">Protein Data Bank 的欧洲节点，专注于大分子 3D 结构数据。</td><br /> </tr><br /> <tr><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600;">化学/药物</td><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;"><strong>[[ChEMBL]]</strong></td><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1;">不仅是化学数据库，更是连接“化学”与“生物学”的生物活性数据库。</td><br /> </tr><br /> <tr><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; font-weight: 600; background-color: #eff6ff;">AI 预测</td><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; background-color: #eff6ff;"><strong>[[AlphaFold]] DB</strong></td><br /> <td style="padding: 10px; border: 1px solid #cbd5e1; background-color: #eff6ff;">与 [[DeepMind]] 合作，提供几乎所有已知蛋白质的预测结构。</td><br /> </tr><br /> </table><br /> </div><br /> <br /> <h2 style="background: #f1f5f9; color: #0f172a; padding: 10px 18px; border-radius: 0 6px 6px 0; font-size: 1.25em; margin-top: 40px; border-left: 6px solid #0f172a; font-weight: bold;">培训与产业合作</h2><br /> <br /> <p style="margin: 15px 0; text-align: justify;"><br /> 除了提供数据，EBI 还是全球生物信息学人才的“黄埔军校”。其 <strong>Training Programme</strong> 提供大量免费的在线课程和线下工作坊。同时，通过 <strong>Industry Programme</strong>，EBI 与辉瑞、阿斯利康等制药巨头保持紧密合作，推动竞争前 (Pre-competitive) 的数据标准制定。<br /> </p><br /> <br /> <div style="font-size: 0.92em; line-height: 1.6; color: #1e293b; margin-top: 50px; border-top: 2px solid #0f172a; padding: 15px 25px; background-color: #f8fafc; border-radius: 0 0 10px 10px;"><br /> <span style="color: #0f172a; font-weight: bold; font-size: 1.05em; display: inline-block; margin-bottom: 15px;">学术参考文献 [Academic Review]</span><br /> <br /> <p style="margin: 12px 0; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; padding-bottom: 10px;"><br /> [1] <strong>Cook CE, et al. (2020).</strong> <em>The European Bioinformatics Institute in 2020: building a new foundation for open scientific discovery.</em> <strong>[[Nucleic Acids Research]]</strong>. <br><br /> <span style="color: #475569;">[点评]：EBI 官方发布的年度概况，详细介绍了其数据资源的增长、基础设施更新以及开放科学战略。</span><br /> </p><br /> <br /> <p style="margin: 12px 0; border-bottom: 1px solid #e2e8f0; padding-bottom: 10px;"><br /> [2] <strong>The UniProt Consortium. (2023).</strong> <em>UniProt: the universal protein knowledgebase in 2023.</em> <strong>[[Nucleic Acids Research]]</strong>. <br><br /> <span style="color: #475569;">[点评]：介绍了 UniProt 数据库的最新进展，特别是结合 AI 预测结构数据的整合。</span><br /> </p><br /> <br /> <p style="margin: 12px 0;"><br /> [3] <strong>Varadi M, et al. (2022).</strong> <em>AlphaFold Protein Structure Database: massively expanding the structural coverage of protein-sequence space.</em> <strong>[[Nucleic Acids Research]]</strong>. <br><br /> <span style="color: #475569;">[点评]：介绍了由 EBI 托管的 AlphaFold 数据库，这是结构生物学领域的里程碑事件。</span><br /> </p><br /> </div><br /> <br /> <div style="margin: 40px 0; border: 1px solid #e2e8f0; border-radius: 8px; overflow: hidden; font-family: 'Helvetica Neue', Arial, sans-serif; font-size: 0.9em;"><br /> <div style="background-color: #eff6ff; color: #1e40af; padding: 8px 15px; font-weight: bold; text-align: center; border-bottom: 1px solid #dbeafe;"><br /> 生物数据基础设施 · 知识图谱<br /> </div><br /> <table style="width: 100%; border-collapse: collapse; background-color: #ffffff;"><br /> <tr style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"><br /> <td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">合作网络</td><br /> <td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[EMBL]] (母机构) • [[Wellcome Trust]] (资助方) • [[ELIXIR]] (欧洲基建)</td><br /> </tr><br /> <tr style="border-bottom: 1px solid #f1f5f9;"><br /> <td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">关键人物</td><br /> <td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[Ewan Birney]] (联合主任) • [[Rolf Apweiler]]</td><br /> </tr><br /> <tr><br /> <td style="width: 85px; background-color: #f8fafc; color: #334155; font-weight: 600; padding: 10px 12px; text-align: right; vertical-align: middle;">数据类型</td><br /> <td style="padding: 10px 15px; color: #334155;">[[Nucleotides]] (ENA) • [[Proteins]] (UniProt) • [[Chemicals]] (ChEMBL)</td><br /> </tr><br /> </table><br /> </div><br /> <br /> </div></div>

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