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2014-01-26T14:28:42Z

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[[核酸]]存在于多种[[细胞]]，如[[病毒]]、[[细菌]]、[[寄生虫]]、动植物细胞；多种[[标本]]中，如[[血液]]、组织、[[唾液]]、尿液等其它来源的标本。因此分离方法复杂而多样。又因各种[[DNA]]、[[RNA]]的丰度差异，各种分析方法对核酸的纯度与量的要求有差异，因此在实验前应对采用的方法有所了解和选择。总的说来核酸的分离与[[纯化]]是在溶解细胞的基础上，利用[[苯酚]]等有机溶剂抽提（核酸溶于[[缓冲液]]，即水相），分离，纯化；[[乙醇]]、[[丙酮]]等有机溶剂沉淀，收获。溶解细胞的方法因标本不同而不同，有用SDS加NaOH，有用[[蛋白酶]]，有的用[[超声波]]破碎等方法，苯酚提取主要使[[蛋白质]]变性沉淀于有机相，而核酸保留在水相，达到分离核酸的目的。实验上[[生物]]标本中含量最多的就是蛋白质。为了除去分离过程中残留的有机溶剂，常用的方法是加冷乙醇和盐沉淀核酸，通过离心回收核酸，然后用70％-80％乙醇洗涤沉淀，除去多余的盐，以免影响核酸溶解和抑制后续步骤的[[酶促反应]]。为了得到纯的核酸可用蛋白酶除去[[蛋白]]，用RNA酶除去RNA，得到纯的DNA，用DNA酶除去DNA而获得RNA。目前开发了许多商品化的核酸[[分离柱]]，可简单、快速地分离得到纯度很高的DNA或RNA。其分离原理有的利用核酸的[[分子量]]差异，有的利用需分离核酸的特点与其特异性结合达到分离、回收的目的。

'''（一）[[质粒]]的分离与纯化'''

含质粒的E. Coli cells经LB[[培养液]]250ml扩大培养，倒入50ml[[离心管]]，4℃，3000rpm，离心15分钟。弃去[[上清液]]。（弃去液丢弃前应作[[消毒]]处理，以免污染环境）。加lysis buffer(50mmol/L Glucose，10mmol/l EDTA，25mmol/l Tris-HCl，pH8.0)1-2ml使之悬浮。放置室温5分钟，加3.5-7ml新配制SDS/NaOH溶液（1mol/l NaOH 8ml，20％SDs2ml，[[蒸馏水]]30ml）上下摇匀，置冰水浴5分钟。禁用混匀器，以免DNA[[分子]]断裂），加2.5mol/L[[醋酸钾]]缓冲液（pH4.8）2.6-5.2ml，上下摇匀，冰浴5分钟。4℃，3000rpm，离心15分钟。沉淀蛋白质。取上清液，加[[无水乙醇]]12-24ml（上清液的二倍）放室温15分钟后，10000rpm离心，弃上清液。加约为沉淀物体积的0.4倍TE（10mmol/lTris-Hcl pH8.0，10mmol/l EDTA）溶解沉淀后，加0.2倍的7.5mol/L[[醋酸]]铵。可用混匀器混匀，置冰浴10分钟。4℃，10000rpm离心5min，弃上清液。加沉淀物0.4倍的10mmol/lTris-HCl pH7.5，10mmol/l EDTA缓冲液，1/10体积的5mg/ml RNase，37℃，30分钟保温。加等量的phenol（酚）/CIAA(480ml[[氯仿]]，20ml异[[戊醇]])，混匀。4℃，10000rpm，离心5分钟。取上层液加酚/CIAA重复一次。取上层液加1/10体积5mol/l NaCl和2倍无水乙醇，―20℃过夜或―70℃2小时以上。4℃，10000rpm，离心10分钟，弃上清液。加80％乙醇不摇动，直接10000rpm离心，弃上清液，[[真空干燥]]。加适量（约200μl）TE溶解。测定含量后备用。

'''（二）[[重组质粒]]中目的[[基因]]的分离与纯化'''

先取少量纯化的重组质粒，用[[限制性内切酶]]切出目的基因，经电泳分离，确认。以200μl含2mg DNA（重组质粒）为例：取10μl含100μg DNA，加90μl TE。按1μgDNA加2-5U限制性内切酶，1/10体积缓冲液，1-2小时保温。缓冲液种类和[[酶反应]]温度因[[内切酶]]种类而异。1/10体积3mol/l NaAc，2倍无水乙醇，－70℃，2小时（－20℃过夜），10000rpm，10分钟离心，弃上清液（乙醇沉淀）。适量TE溶解沉淀（切断的DNA质粒与目的基因混合物），电泳分离（用相应分子量DNA标准同时电泳），在紫外光下观察结果，与标准DNA分子量比较，确认目的基因和内切酶的切割效果。

⒈电泳条件：

{| class="wikitable"
| [[凝胶]]制备：
| 1％[[琼脂糖]]凝胶
| agarose(mg)
| X50TAE(ml)
| EB(溴化乙锭μl)
|-
|
| (agarose)
| 1000
| 2.0
| 4.0
|-
|
| 总体积（ml）
|
|
|
|-
|
| 100
|
|
|
|}

{| class="wikitable"
| 胶浓度（％）：
| 0.3
| 0.6
| 0.7
| 0.9
| 1.2
| 1.5
| 2.0
|-
| DNA长度（kb）：
| 60-5
| 20-1
| 10-0.8
| 7-0.5
| 6-0.4
| 4-0.2
| 3-0.1
|-
| 电泳缓冲液：
| X50TAE(ml)
| EB(μl)
| 总体积(ml)
|
|
|
|
|-
|
| 20
| 30
| 1000
|
|
|
|
|}

X50TAE：Trismabase 54g；[[乙酸]]57.1ml；0.5m EDTApH8.0 20ml；蒸馏水至1000ml。

EB：10mg/mlethidium bromide。(EB有致癌性，操作应小心)。

经电泳确认后，取适量DNA（重组质粒）同上条件切开，用1.5％低熔点（＜65℃熔解）琼脂糖凝胶，电泳分离。在紫外光下，切出含目的[[基因区]]带（凝胶），放入离心管中，提取纯化。

⒉从低熔点凝胶提取，纯化DNA片段加与凝胶体积相等的TE（10mmol/lTris-HCl pH8.0，0.1mmol/l EDTA），置65℃水浴5分钟保温，使凝胶完全溶解。待放至室温，加等量酚（TE[[饱和]]，TE封在上层，取下层酚），轻轻混匀（不用混匀），12000rpm，3分钟离心。反复1-2次。取上层液，加0.1体积3mol/L[[醋酸钠]]（pH5.2）和2.5倍体积无水乙醇，进行乙醇沉淀。将纯化的DNA加适量TE溶解，测定含量，备用（可用于目的基因结构分析，[[探针]]制备等）。除低熔点凝胶回收法外，如用一般凝胶可用[[透析]]带短暂电泳，离心管低部加玻璃棉，[[高速离心]]等方法回收DNA片段。

'''（三）标本DNA的分离与纯化'''

用5-10ml 1xNTE(NaCl 100mmol/L ,Tris-HCl10mmol/l pH7.4，EDTa 1mmol/L pH8.0)调整细胞为2×10<sup>7</sup>个（组织应切碎置液氮冰冻，高速搅切成粉末后，加入缓冲液）。加1/10-1/20体积（V）10mg/ml蛋白酶（Sigma Ⅷ型），1/20v 10％SDS，37℃2小时。加等量酚/3xNTE(3xNTE上封)混匀（至少7分钟）。4℃，3000rpm，10分钟。取上清液，加2mlTE(Tris-HCl 10mmol/L pH7.5，EDTa 1mmol/L pH8.0)，充分混匀。乙醇沉淀。2mlTE溶解沉淀。加1/30xNTE，蛋白酶K(10mg/ml)代替蛋白酶重复2-4步骤。测定含量。

'''（四）样品RNA的分离，纯化'''

含10<sup>6</sup>个[[细胞液]]加等量纯化溶液［4mol/L[[胍基]][[硫氰酸盐]]，25mmol/L[[柠檬酸]]pH7.0，0.5％[[肌氨酸]]（sarcosyl），0.1mol/l 2-巯基乙醇］。总体积为细胞沉淀4-5倍，混匀。加0.1体积2ml/L乙酸钠（pH4.1），1体积酚（重蒸水上封），0.2体积CIAA，混匀器剧烈混合10秒钟。冰水浴15分钟。10000xg4℃，20分钟。离心（不用刹车）。小心取出上清液。加等量丙酮（或2倍乙醇），－20℃，60分钟以上。10000xg，4℃，20分钟离心。弃上清液。用1.5ml离心管约加0.3ml纯化溶液，重复3)步骤，离心10分钟，弃上清液。加75％乙醇，10000xg，4℃，10分钟离心。弃上清液。真空干燥15分钟，备用。
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